Mulai dari usianya yang masih muda, Cipto menunjukkan kecerdasan dan semangat belajar yang tinggi. Dukungan dari keluarganya, terutama dari ayahnya yang bekerja sebagai seorang pegawai pemerintahan kolonial, memberikan Cipto akses ke pendidikan yang baik pada masa itu.

Setelah menamatkan pendidikan dasarnya, Dokter Cipto melanjutkan pendidikan ke School tot Opleiding van Inlandsche Artsen (STOVIA) di Batavia. STOVIA adalah sekolah kedokteran yang didirikan oleh pemerintah kolonial Belanda untuk mendidik pribumi menjadi tenaga medis. Pada masa itu, menjadi siswa di STOVIA adalah kesempatan langka dan bergengsi bagi kaum pribumi.

Pendidikan di STOVIA tidaklah mudah. Selain harus menguasai ilmu kedokteran yang cukup kompleks, para siswa pribumi juga harus menghadapi diskriminasi rasial dan tekanan dari pemerintah kolonial. Meskipun demikian, Cipto menunjukkan ketekunan dan semangat juangnya dalam menempuh pendidikan di sekolah ini.

Selagi ia menempuh pendidikan di STOVIA, ia mengamati kehidupan di sekitarnya yang masih banyak mengalami deskriminasi ras dan bentuk-bentuk feodalisme, seperti aturan berpakaian di STOVIA yang mengharuskan seluruh masyarakat Jawa dan Sumatera yang bukan kristen untuk memakai pakaian pribumi ketika berada di kawasan sekolah.

Selama masa studi di STOVIA, Dokter Cipto mulai menunjukkan minatnya dalam pergerakan nasional. Ia terlibat dalam diskusi-diskusi dengan sesama siswa mengenai kondisi sosial-politik di Hindia Belanda dan mulai mengembangkan pemikiran kritis terhadap ketidakadilan yang dialami oleh rakyat pribumi.

Setelah menyelesaikan pendidikannya di STOVIA, Dokter Cipto lulus sebagai seorang dokter. Gelar dokter yang ia peroleh tidak hanya memberinya keahlian medis tetapi juga membuka peluang untuk terlibat lebih dalam dalam isu-isu sosial dan politik di masyarakat.

Sebagai seorang dokter, Cipto bekerja di berbagai daerah di Jawa, termasuk di Semarang dan Yogyakarta. Dalam praktik medisnya, ia menyaksikan langsung penderitaan rakyat akibat kebijakan kolonial yang tidak adil. Pengalaman ini memperkuat kesadaran sosial dan tekadnya untuk berjuang demi perbaikan kondisi hidup rakyat Indonesia.

Pendidikan yang ditempuh oleh Dokter Cipto tidak hanya memberikan pengetahuan medis tetapi juga membentuk karakter dan pemikirannya sebagai seorang pejuang. Melalui pendidikan, ia memperoleh landasan intelektual yang kuat untuk mengkritik ketidakadilan dan mengorganisasi gerakan perlawanan terhadap pemerintah kolonial.